Phiên tòa đã được đưa tin trên trang nhất của cả nước, bao gồm cả tờ báo này ở Washington DC. Darrow đã được trích dẫn vì sự khinh thường toà án (vào thời điểm đó) và chi tiết về nhiều nhà khoa học không được phép làm chứng.

ACLU ban đầu có ý định phản đối Đạo luật Butlet với lý do đạo luật này vi phạm quyền cá nhân và quyền tự do học thuật của giáo viên, và do đó bản thân nó đã vi hiến. Người đứng đầu chủ yếu là Clarence Darrow, chiến lược này đã thay đổi khi vụ án Scopes bắt đầu. Lập luận sớm nhất được người bào chữa đưa ra sau khi phiên tòa bắt đầu là thực tế không có mâu thuẫn nào giữa quá trình tiến hóa và lời tường thuật về sự sáng thế trong Kinh thánh; về sau, quan điểm này sẽ được gọi là thuyết tiến hóa hữu thần. Để hỗ trợ cho tuyên bố này, họ đã mời 8 chuyên gia về Thuyết tiến hóa tham gia phiên toà. Nhưng ngoài Tiến sĩ Maynard Metcalf, một nhà động vật học từ Đại học Johns Hopkins, thẩm phán đã không cho phép các chuyên gia khác trong nhóm 8 người này làm chứng trực tiếp. Thay vào đó, họ được phép gửi bản tường trình để bằng chứng của họ có thể được sử dụng tại phiên kháng cáo. Đáp lại quyết định này, Darrow đã đưa ra một nhận xét mỉa mai với Thẩm phán Raulston (như ông ấy thường làm trong suốt phiên tòa) về việc ông ấy chỉ đồng ý với những đề nghị của bên công tố. Darrow đã xin lỗi vào ngày hôm sau, để tránh bị coi là khinh thường tòa án.[26]

H. L. Mencken năm 1928

Chủ tọa phiên tòa, John T. Raulston, bị cáo buộc thiên vị cho bên công tố và thường xuyên xung đột với Darrow. Khi bắt đầu phiên tòa, Raulston đã trích dẫn Sách Sáng Thế và Đạo luật Butler. Anh ta cũng cảnh báo bồi thẩm đoàn không đánh giá cao luật pháp (điều này sẽ trở thành tâm điểm của phiên tòa) mà dựa trên hành vi vi phạm Đạo luật mà ông ta gọi là 'tội nhẹ'. Bản thân người đứng đầu bồi thẩm đoàn không tin vào giá trị của Đạo luật nhưng ông ta đã hành động, cũng như hầu hết bồi thẩm đoàn, theo chỉ thị của thẩm phán.[27]

Bryan trừng phạt thuyết tiến hóa vì đã dạy trẻ em rằng con người chỉ là một trong 35.000 loại động vật có vú và phàn nàn về quan điểm cho rằng con người có nguồn gốc "Thậm chí không phải từ loài khỉ ở Mỹ, mà từ loài khỉ ở cựu thế giới".[28]

Darrow trả lời bào chữa trong một bài phát biểu được mọi người coi là cao trào hùng biện của phiên tòa.[29] Làm dấy lên nỗi sợ hãi về "cuộc điều tra", Darrow lập luận rằng Kinh thánh nên được bảo tồn trong lĩnh vực thần học và đạo đức chứ không phải đưa vào một chương trình khoa học. Trong phần kết luận của mình, Darrow tuyên bố rằng "cuộc đọ sức sinh tử" của Bryan chống lại sự tiến hóa không nên được thực hiện một cách phiến diện bởi phán quyết của một tòa án đã loại bỏ các nhân chứng tham gia vào quá trình bào chữa. Darrow hứa sẽ không có cuộc đấu tay đôi vì "không bao giờ có cuộc đấu tay đôi với sự thật."[lower-alpha 1] Phòng xử án náo nhiệt khi Darrow kết thúc; Scopes tuyên bố bài phát biểu của Darrow là điểm nhấn đầy kịch tính của toàn bộ phiên tòa và nhấn mạnh rằng một phần lý do khiến Bryan muốn đứng trước tòa là để lấy lại chút vinh quang đã bị hoen ố của mình.[31]

Chất vấn Bryan

Vào ngày thứ 6 của phiên tòa, bên bào chữa đã hết nhân chứng. Thẩm phán tuyên bố rằng tất cả các lời khai bào chữa về Kinh thánh là không liên quan và không nên được trình bày trước bồi thẩm đoàn (đã bị loại trừ trong quá trình bào chữa). Vào ngày thứ 7 của phiên tòa, luật sự bào chữa yêu cầu thẩm phán gọi Bryan làm nhân chứng để thẩm vấn ông ta về Kinh thánh, vì các chuyên gia của họ cho rằng không liên quan; Darrow đã lên kế hoạch cho việc này từ ngày hôm trước và gọi Bryan là "chuyên gia Kinh thánh". Động thái này khiến những người có mặt tại tòa ngạc nhiên, vì Bryan là luật sư bên nguyên và bản thân Bryan (theo một nhà báo đưa tin về phiên tòa) chưa bao giờ tự nhận mình là một chuyên gia, mặc dù ông ta có khoe kiến thức về Kinh thánh của mình.[32] Lời khai này xoay quanh một số câu hỏi liên quan đến các câu chuyện trong Kinh thánh và niềm tin của Bryan (như hình bên dưới); lời khai này lên đến đỉnh điểm khi Bryan tuyên bố rằng Darrow đang sử dụng tòa án để "nói xấu Kinh thánh" trong khi Darrow trả lời rằng những tuyên bố của Bryan về Kinh thánh là "ngu ngốc".[33]

William Jennings Bryan năm 1925

Vào ngày thứ 7 của phiên tòa, Clarence Darrow đã thực hiện một bước đi không chính thống là gọi William Jennings Bryan, luật sư bên nguyên, đến đứng trước tòa với tư cách là nhân chứng trong nỗ lực chứng minh niềm tin vào tính lịch sử của Kinh thánh và nhiều câu chuyện về phép lạ trong Kinh thánh là không hợp lý. Bryan chấp nhận, vì sau khi hoàn thành điều này thì đến lượt mình, Darrow sẽ bị Bryan thẩm vấn. Mặc dù Hays tuyên bố trong cuốn tự truyện của mình rằng việc kiểm tra Bryan là nằm ngoài kế hoạch, nhưng Darrow đã dành cả đêm trước đó để chuẩn bị. Các nhà khoa học mà bên bào chữa đã đưa đến Dayton—và Charles Francis Potter, một mục sư theo chủ nghĩa hiện đại, người đã tham gia vào một loạt các cuộc tranh luận công khai về sự tiến hóa với nhà thuyết giáo theo trào lưu chính thống John Roach Straton—đã chuẩn bị các chủ đề và câu hỏi để Darrow trình bày trước Bryan trên bục nhân chứng.[34] Kirtley F. Mather, chủ nhiệm khoa địa chất tại Đại học Harvard và cũng là một tín đồ Baptist sùng đạo, đã đóng vai Bryan và trả lời các câu hỏi mà ông tin rằng Bryan sẽ nói.[35][36] Raulston đã hoãn phiên tòa để dời phiên xử ra khán đài trên bãi cỏ của tòa án, bề ngoài là vì ông ta sợ phía trong toà nhà có quá nhiều khán giả chen chúc trong phòng xử án, nhưng có lẽ vì cái nóng ngột ngạt thì đúng hơn.[37]

Adam và Eva

Nhiều câu hỏi được đặt ra liên quan đến Sách Sáng thế, bao gồm các câu hỏi về việc liệu Eva có thực sự được tạo ra từ xương sườn của Adam hay không, Cain lấy vợ ở đâu và có bao nhiêu người sống ở Ai Cập cổ đại. Darrow đã sử dụng những ví dụ này để gợi ý rằng những câu chuyện trong Kinh thánh không thể mang tính khoa học và không nên được sử dụng trong việc giảng dạy khoa học. "[38] Bryan tuyên bố đáp lại rằng, "Lý do tôi trả lời không phải vì lợi ích của tòa án cấp trên. Đó là để ngăn những quý ông này nói rằng tôi sợ gặp họ và để họ thẩm vấn tôi, và tôi muốn thế giới Kitô giáo biết rằng bất kỳ người vô thần, bất khả tri, không tin, có thể hỏi tôi bất cứ lúc nào về niềm tin của tôi vào Thiên Chúa, và tôi sẽ trả lời cho họ."[39]

Stewart phản đối việc truy tố, yêu cầu được biết mục đích pháp lý của việc thẩm vấn Darrow. Bryan, khi đánh giá tác động của phiên toà, đã nói rằng mục đích của nó là "để chế giễu tất cả những ai tin vào Kinh thánh". Darrow, với sự kịch liệt không kém, phản bác lại, "Chúng tôi có mục đích ngăn chặn những kẻ cố chấp và những kẻ ngu dốt kiểm soát nền giáo dục của Hoa Kỳ."[40]

Một vài câu hỏi nữa được tiếp nối trong phòng xử án ngoài trời có tính phí. Darrow hỏi Cain lấy vợ ở đâu; Bryan trả lời rằng ông sẽ "bỏ mặc những người theo thuyết bất khả tri để săn lùng cô ấy".[41] Khi Darrow đề cập đến vấn đề con rắn cám dỗ Eva, Bryan nhấn mạnh rằng Kinh thánh phải được trích dẫn nguyên văn thay vì cho phép Darrow diễn giải nó theo cách riêng của mình. Tuy nhiên, sau một cuộc trao đổi giận dữ khác, Thẩm phán Raulston đập búa, hoãn phiên tòa.[19]

Kết thúc phiên toà

Darrow (trái) và Bryan (phải) trong phiên tòa

Cuộc đối đầu giữa Bryan và Darrow kéo dài khoảng 2 giờ đồng hồ vào buổi chiều ngày thứ 7 của phiên tòa. Có khả năng nó sẽ tiếp tục vào sáng hôm sau nhưng đối với thông báo của Thẩm phán Raulston rằng ông ấy coi toàn bộ cuộc kiểm tra không liên quan đến vụ án và ông ấy quyết định nội dung này nên được "xóa" khỏi hồ sơ. Do đó, Bryan đã bị từ chối cơ hội đối chất lại với các luật sư bào chữa, mặc dù sau phiên tòa, Bryan sẽ đưa ra 9 câu hỏi cho báo chí để thể hiện "thái độ tôn giáo" của Darrow. Các câu hỏi và câu trả lời ngắn gọn của Darrow đã được đăng trên báo một ngày sau khi phiên tòa kết thúc, Tờ báo The New York Times mô tả Darrow đã trả lời các câu hỏi của Bryan "với niềm tin bất khả tri của ông ấy, 'Tôi không biết', ngoại trừ trường hợp ông ấy có thể phủ nhận chúng bằng niềm tin vào quy luật tự nhiên, bất biến”.[42]

Sau những nỗ lực cuối cùng của người bào chữa để đưa ra bằng chứng bị từ chối, Darrow đã yêu cầu thẩm phán đưa bồi thẩm đoàn vào để họ đưa ra phán quyết kết tội:

Chúng tôi tuyên bố rằng bị cáo không có tội, nhưng vì tòa án đã loại trừ bất kỳ lời khai nào, ngoại trừ một vấn đề là liệu anh ta có dạy rằng con người có nguồn gốc từ một loài động vật thấp hơn hay không, và chúng tôi không thể phủ nhận lời khai đó, không có điều hợp lý nào xảy ra ngoại trừ việc bồi thẩm đoàn đưa ra phán quyết mà chúng tôi có thể đưa lên tòa án cấp cao hơn, hoàn toàn là vấn đề của thủ tục thích hợp. Chúng tôi không nghĩ rằng việc tòa án hoặc luật sư phía bên kia lãng phí nhiều thời gian là không công bằng khi chúng tôi biết đây là kết quả tất yếu và có lẽ là kết quả tốt nhất cho vụ việc.

Sau khi họ được đưa vào, Darrow sau đó nói với bồi thẩm đoàn:

Chúng tôi đến đây để đưa ra bằng chứng trong trường hợp này và tòa án đã phán quyết theo luật rằng bằng chứng mà chúng tôi có là không thể chấp nhận được, vì vậy tất cả những gì chúng tôi có thể làm là chấp nhận một ngoại lệ và đưa nó lên tòa án cấp cao hơn để xem liệu bằng chứng đó có đúng hay không, được chấp nhận hay không ... chúng tôi thậm chí không thể giải thích cho các ngài rằng chúng tôi nghĩ rằng các ngài nên để cho thân chủ của tôi vô tội...

Darrow đã khép lại vụ án mà không có bản tổng kết cuối cùng. Theo luật Tennessee, khi bên bào chữa từ bỏ quyền phát biểu kết thúc, bên công tố cũng bị cấm tóm tắt vụ việc, ngăn cản Bryan trình bày phần tóm tắt đã chuẩn bị của mình.

Scopes chưa bao giờ bị bên công tố hay luật sư bào chữa mời ra làm chứng trước toà vì không có bằng chứng thực tế nào về việc liệu anh ấy có dạy về thuyết tiến hóa hay không. Scopes sau đó thừa nhận rằng, trên thực tế, anh ta không chắc liệu mình có dạy thuyết tiến hóa hay không (một lý do khác mà bên bào chữa không muốn anh ta làm chứng), nhưng điểm này không bị tranh cãi tại phiên tòa.[43]

Bản tóm tắt của William Jennings Bryan về phiên tòa xét xử Scopes (được phát cho các phóng viên nhưng không được đọc trước tòa):

Khoa học là một lực lượng tuyệt vời, nhưng nó không phải là một giáo viên đạo đức. Nó có thể hoàn thiện máy móc, nhưng nó không thêm vào những hạn chế đạo đức nào để bảo vệ xã hội khỏi việc lạm dụng máy móc. Nó cũng có thể đóng những con tàu trí tuệ khổng lồ, nhưng nó không xây dựng bánh lái đạo đức nào để điều khiển con tàu của con người bị bão tố quật ngã. Nó không những không cung cấp được yếu tố tâm linh cần thiết mà một số giả thuyết chưa được chứng minh của nó đã cướp mất la bàn của con tàu và do đó gây nguy hiểm cho hàng hóa của nó. Trong chiến tranh, khoa học đã chứng minh mình là một thiên tài xấu xa; nó đã làm cho chiến tranh trở nên khủng khiếp hơn bao giờ hết. Con người đã từng hài lòng với việc tàn sát đồng loại của mình trên một mặt phẳng duy nhất, bề mặt trái đất. Khoa học đã dạy anh ta xuống nước và bắn từ dưới lên và lên mây và bắn từ trên xuống, do đó làm cho chiến trường đẫm máu gấp ba lần trước đây; nhưng khoa học không dạy tình anh em. Khoa học đã biến chiến tranh thành địa ngục đến nỗi nền văn minh sắp tự sát; và bây giờ chúng ta được biết rằng các công cụ hủy diệt mới được phát hiện sẽ làm cho sự tàn khốc của cuộc chiến tranh sau này trở nên tầm thường so với sự tàn khốc của các cuộc chiến tranh có thể xảy ra trong tương lai. Nếu nền văn minh muốn được cứu thoát khỏi đống đổ nát bị đe dọa bởi trí thông minh không được tình yêu thánh hiến, thì nó phải được cứu bởi quy tắc đạo đức của người Nazarene nhu mì và thấp hèn. Những lời dạy của Ngài, và chỉ những lời dạy của Ngài thôi, có thể giải quyết những vấn đề làm nhức nhối trái tim và làm bối rối thế giới.[44]

Sau 8 ngày xét xử, bồi thẩm đoàn chỉ mất 9 phút để nghị án. Scopes bị kết tội vào ngày 21 tháng 7 và bị Raulston tuyên án phải nộp phạt 100 đô la (tương đương 1.500 đô la vào năm 2021). Raulston áp dụng hình phạt trước khi Scopes có cơ hội nói bất cứ điều gì về lý do tại sao tòa án không nên áp dụng hình phạt đối với anh ta và sau khi Neal trình bày lỗi sai với thẩm phán, bị cáo đã nói lần đầu tiên và duy nhất trước tòa:

Thưa quý tòa, tôi cảm thấy rằng tôi đã bị kết tội vi phạm một đạo luật bất công. Tôi sẽ tiếp tục theo đuổi vụ án này trong tương lai, như tôi đã từng làm trong quá khứ, phản đối luật này bằng mọi cách có thể. Bất kỳ hành động nào khác sẽ vi phạm lý tưởng của tôi về tự do học thuật—nghĩa là dạy sự thật như được đảm bảo trong hiến pháp của chúng ta, về tự do cá nhân và tôn giáo. Tôi nghĩ tiền phạt là bất công.[45]

Bryan đột ngột qua đời năm ngày sau khi phiên tòa kết thúc.[46] Mối liên hệ giữa phiên tòa và cái chết của ông vẫn đang được các nhà sử học tranh luận.